秦始皇被称作是千古一帝，长期以来，人们对于秦代的印象就是建立了暴政，但事实上远非如此，秦始皇所建立的秦帝国的种种制度和政策对后代的影响极大，有些甚至沿用至今，关于秦始皇本人，由于历史久远、史料不足，围绕他也存在着诸多的谜团。
一、长相之谜：身形猥琐还是高大英武
在《秦始皇本纪》中尉缭说：“秦王为人，峰准，长目，挚鸟膺，挚，豺声。”郭沫若据此分析，秦始皇有生理缺陷：“峰准”就是马鞍鼻，“挚鸟膺”就是现代医学的“鸡胸”，“豺声”表明气管炎;其胸形、鼻形变异与气管炎常发，显示他是个软骨病患者。
而史学界大部分专家认为，秦始皇是一个英武潇洒、相貌堂堂的人。翦伯赞先生曾推断，秦始皇的相貌应是相当漂亮的。
《纬书》中的《易纬》、《春秋纬》和《礼纬》中都有关于秦始皇的记载。从这些书中，我们基本可以推断出秦始皇长相的全貌。他“虎口”、“日角”、“隆准”、“长目”、“鸷鸟膺”。虎口，就是说他的嘴巴张得像老虎的嘴巴;日角，就是说在他的两眉之间有一块鼓起来的骨头，史书上的汉光武也是这样;隆准，就是鼻子很高;长目，就是说他的眼睛细而长，很像我们现在西北一带的人;鸷鸟膺，是指胸骨突了出来，应该是我们今天所说的鸡胸。
特别应当指出的是，根据《礼纬》的记载，秦始皇的个头特别高，有八尺六寸，相当于今天的一米九八。他的腰围是七围。关于围，现在有几种解释，有人认为合抱为围，有人则认为一尺为围，也有人说五寸为围。当时的一尺相当于我们今天的七寸。
如果是五寸为围，那么秦始皇的腰为三尺五寸，那么就太细了。刘华祝认为，根据上下文来判断，一尺为围则较为可信。根据现在的尺寸，秦始皇的腰围应相当于今天的四尺七八。刘华祝说，秦始皇这样的一个形象，在今天看来，毫无疑问是非常的高大威武。
二、身世之谜：是不是私生子
众所周知，秦始皇姓赵，史学界有关专家认为，秦始皇生于正月，故起名为正，古代通政，因此写作政。至于为什么姓赵，有人指出秦始皇出生在赵国，古代有以出生地为姓的习俗。也有专家认为，秦始皇为什么会姓赵，是因为赵姓与嬴姓是同一宗，赵姓是嬴姓的一个分支。
秦始皇不仅有赵姓之说，还有人认为他姓吕，是吕不韦的私生子。
他姓赵是因为他的父亲子楚当时在赵国作质子，他是在赵国生的，又生于正月，所以叫赵政。子楚回到秦国后，秦始皇自然就姓秦国的国姓嬴。
关于秦始皇是不是私生子，刘华祝认为，说秦始皇是私生子这显然是一种污蔑之词。据《史记》记载，秦始皇的母亲是赵国大将的女儿,送给子楚之前是吕不韦的小老婆。说她怀孕后送给子楚，几乎不可能。
而且史书上说她是十二月怀胎，从现在的医学知识来判断，胎儿不可能在母亲肚子里呆十二个月。所以，从吕不韦送赵姬给子楚的时间和秦始皇出生的时间来推断，秦始皇不可能是私生子。
三、性格之谜：凶狠残暴还是雄才大略
历代一直都对秦始皇持否定态度，认为他是一个暴君。“弑父驱母”、“焚书坑儒”都是揭露秦始皇“凶狠残暴”的有力证据。但也有专家认为，秦始皇并不是想像中的那么残暴。
有些事情的确另有隐情。“弑父驱母”，并非出自他的本意，顾惜骨肉亲情，就只能使他的王位受到威胁。在这件事情上恰恰表现了秦始皇的雄才大略。
“弑父驱母”，赢政做了秦王之后，吕不韦的权势非常大。而他的母亲赵姬又有一个情人。这样，秦始皇的身边有了两个对他政权构成威胁的人。他不除掉这两个人，那时显然也不行。驱逐赵太后也显然是因为和他情人的叛乱有关，和赵太后本身的污点有关。
再比如说“焚书坑儒”，秦国是一个法制国家，秦统一之后，必然要以秦的文化统一全国文化，这统一的过程中必然会产生一系列的矛盾。这其中一些儒生咒骂他，而方士们则欺骗他。所以才有了后来的“焚书坑儒”，当然这种行为在我们现在看来是过激了一些。
秦始皇所处的那个时代(包括秦和西汉)大气开放。人们追求的是一种个性的张扬和自由。秦始皇让人钦佩的地方在于，他13岁作王，22岁就清除了吕不韦这些人，23岁就开始着手统一全国，用了十四五年时间就统一了中国。他能把那么大的一个国家统一，并且制定一系列统一的措施，这都说明了他的雄才大略。
四、求仙之谜
中国考古学家在世界八大奇迹之一的秦始皇兵马俑附近发现了13只2200年前的青铜鹤，其中两只已证明为仙鹤。他们说，这可能是反映秦始皇有“升天梦想”的实物证据。
秦始皇陵兵马俑博物馆专家刘占成指出：“仙鹤脚下云状青铜踏板，与古代仙人伴鹤乘祥云升天的传说有关，它应该是体现秦始皇有死后升天思想的证据。”
鹤是中国人传统的吉祥鸟，象征着长寿，跟鹤有关的礼物至今仍受中国老人欢迎。史籍记载，首次统一中国的秦始皇痴迷长生，曾为寻找不死药，派遣大批方士出海苦觅。这是中国首次出土单独青铜动物雕塑，出土如此大批量的青铜禽类十分罕见。
五、皇后之迷
被誉为“世界八大奇观”之一的秦始皇兵马俑是秦始皇陵墓的一部分。其宏大的规模令人叹为观止。秦始皇的陵墓除此之外还有城墙、寝殿、官署等地下建筑。因此，秦陵是一个规模空前的地下建筑体系，里面埋藏着我国古代劳动人民的智慧结晶。
2200年前，秦始皇统一中国以后，命令数十万人在今天陕西临潼骊山为自己修筑了一座庞大的陵墓，陵墓周围埋藏着许多用陶土烧制的“兵马俑”，但是却始终找不到皇后陵。古代文献上也找不到相关资料，秦始皇皇后究竟是谁，至今还是不解之谜。
六、墓葬之迷
千百年来围绕着秦陵地宫引发了许多神奇的传说故事。《三辅故事》记载，楚霸王项羽入关，曾以30万人盗掘秦陵。在挖掘过程中，突然一只金雁从墓中飞出，这只神奇的飞雁一直朝南飞去。斗转星移过了几百年，三国时期，宝鼎元年，有人送只金雁给名曰张善的官吏，他立即从金雁上的文字判断此物出自始皇陵……这类神奇的传说更是给秦始皇陵蒙上了一层神秘的色彩。
几千年过去了，秦陵那座高大如山的封冢仍然屹立于骊山脚下，当年那长达10千米的内外夯土城垣早已残缺不全。现在能看到的只有内城西墙残存的一段城墙。那一座座宏伟的地面建筑早在两千多年前就遭到项羽的焚烧，在残存的废墟上，考古工作者发现了陵寝建筑群遗址，规模宏大，集中分布于封土北侧、内城西半部。
在封土西北的内外城垣之间还发现一处地面建筑群。据清理的三组房屋建筑基址来看似为饲官建筑。饲官建筑遗址的南北两侧还有几组尚未发掘的地面建筑，其规模也相当可观。规模究竟多大，尤其是如何设计，至今未解。
