在沉寂了相当长的一段时间后，到了20世纪的第二次世界大战期间，不明潜水物又频繁地出现了，不同的是，这时的不明潜水物的外形已大大异于上个世纪的那些不明潜水物，它们和现代人类制造的潜水艇已非常相似。
1942年6月，在太平洋中途岛海战中，日本的联合舰队和美国的航空母舰“小鹰”号进行了激战，在这一过程中，一直有一艘神秘的潜艇在旁边悄悄地观战。可当它被双方发现并误以为是敌方的舰只，都对其进行攻击时，它却又一下子消失得无影无踪了。到了美日舰只在马里亚纳群岛激战时，这艘神秘莫测的潜艇又出现了，但它还只作“壁上观”，不支持任何一方。更奇怪的事情还在后面：当一艘日本舰只中弹着火爆炸，水手纷纷跳海逃生时，这艘神秘的潜艇马上驶近现场，救捞起了许多官兵。然后，它开到稍远的地方，让这些官兵坐在两条救生艇里，把艇子放下海，才悄悄地开走。让这些被救官兵感到更迷惑不解的是，在整个过程中，他们始终都没有见到潜艇上的人，只有一个出自喇叭的声音在指挥着他们该这么做该那么做。而且，这艘潜艇的速度和其他各种性能，是当时所有最先进的舰只也难以比拟的。
幽灵潜艇
战争结束后，美国的情报部门曾专门就此事展开调查，却没有什么结果，当时有潜水艇的只有美国和德国、日本等寥寥几个国家，但德国和日本都否认曾派遣过潜艇到这些个海战现场。
到了20世纪60年代初，USO更是频频出没于太平洋与大西洋的广阔海域，跟踪美国、前苏联的乃至其他国家的军舰。一次，美国“企业”号核动力航空母舰在南太平洋发现被跟踪，正待作出反应，对方就很快消失在声纳和检测仪的定位之外了。“企业”号派出数架反潜直升机到处搜寻，并投下了多枚深水炸弹，但最终一无所获。前苏联的舰队也遇到过类似的情况。
有一阵子，美国和前苏联甚至怀疑幽灵潜艇为对方所造，但又不相信对方的技术能达到这么高的水平，超越己方这么多。
超越现有科技的幽灵潜艇
最令人费解的事发生于1990年，当时北约的数十只军舰正在北大西洋进行军事演习。突然，有人又发现了幽灵潜艇。这些军舰立即中断了原定的演习计划，全力以赴地投入到猎捕幽灵潜艇的行动中。它们向幽灵潜艇发射了大量的鱼雷和深水炸弹，但是，奇怪的是，这些炸弹根本靠近不了幽灵潜艇的身，它们一接近它时，便鬼使神差地拐向一边，冲向了远处。而当毫发无损的幽灵潜艇浮出水面时，所有军舰上的雷达、声纳及其他通讯系统全都奇怪地失灵，直到它离开后，这些系统才恢复正常。
