康熙十二年(1673)十一月二十一日，吴三桂在表面答应撤藩并于当月二十四日启程赴京的前3天，正式起兵反清。一时间，时任总督、巡抚、提督、总兵等地方大员的原明朝降清之武将纷纷加入，据统计竟多达20位，使吴三桂迅速集结起14万兵力，攻占了滇、黔、湘、蜀四省，加上广西孙延龄(汉族公主孔四贞的丈夫)和福建靖南王耿精忠随之反清，六省沦陷，中原动摇。吴三桂更欲裂土为王，并请西藏之达赖喇嘛为之出面调停。但康熙帝胸有成竹，不听达赖喇嘛之言，调兵遣将，精心规划，力争将战事控制在滇、黔、湘等三省之内，并为集中打击吴三桂，剿抚并用，下令停撤耿、尚二藩以孤立之。就在吴三桂自恃已占有半壁江山，长子又尚皇十四女建宁公主而为皇帝懿亲，以为朝廷必定会恩养其子吴应熊用以招抚之时，康熙十三年(1674)四月十三日，圣祖采纳诸王大臣之议，将额驸吴应熊及其子吴世霖于京师处以绞刑。清廷此举予吴三桂以致命打击，听到其子应熊及孙世霖被处决的死讯，吴三桂亦“惊悖气夺，遂底于亡”，即不久亦一命呜呼了。
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从客观上讲，康熙帝此时的确不仅在政治上，而且在心理上打败了挑起三藩之乱的吴三桂，但对于皇十四女建宁公主而言，这一切却犹如噩梦，33岁时突然就家破人亡了。从前，下嫁汉族权臣之子是清廷为了完成笼络汉臣之意，而今父债子还甚至是由孙子来还，又是清廷为巩固政权的明智之举。当其时也，康熙帝下谕旨，以为“乱臣贼子，孽由自作，刑章俱在，众论佥同，朕亦不得而曲贷之也”。将额驸吴应熊正法，为的是“以寒老贼之胆，以绝群奸之望，以鼓励三军之心”。假如说，作为侄儿的圣祖玄烨没有考虑过姑母建宁公主，也许是有些冤枉，由于在额驸吴应熊死后，康熙帝常常下诏慰藉公主，称建宁公主一生“为叛寇所累”。但事情的结果已成定局，面对丧夫失子之痛，皇十四女建宁公主该如何独处于世呢?世间但见豪气干云，谁怜儿女情长?身在其中的建宁公主恐怕只能自啖苦果，日日煎熬。此后相思之梦，尽在绞刑架下。
康熙二十年(1681)，历时8年之久的三藩之乱终于尘埃落定。三藩之中，吴三桂于康熙十七年(1678)八月卒，其孙吴世璠继立。康熙二十年(1681)十月二十八日，吴世璠自杀，云南自此平定。
