悲痛欲绝的康熙帝，坚持在慈宁宫前院所设帷帐内守孝，还想将孝庄文太后的梓宫久留在慈宁宫内，把慈宁宫作为孝庄文太后的“奉殿”，这个想法被大臣们劝止说无先例才作罢。但因慈宁宫东“新建宫殿五间”，非常得孝庄的喜欢，康熙就把东侧五间殿拆了下来，将建材全部运到了孝陵的红墙外，在原地建了一个一模一样的，这才将它作为了太后的“暂安奉殿”。
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据传，慈宁宫自此以后就出现了异象，入住的太后、太妃们，有的说每天晚上都能听见奏乐的声音，有的说在墙上能看到宫女太监们排队走过的影子，还有的说有一口井，白天往下看井底是石头、杂草，但晚上再往下看，井底就会有水，水上倒映的却不是本人的脸……这些传说在宫中越来越玄，以致后来的太后、太妃们都不愿意住在慈宁宫，她们纷纷向皇帝进言，说本人的身份“压”不住这座令人敬畏的太后宫，恳求另地而居。
孝庄以后，慈宁宫再也没有迎来一位长时间居住的主人，只有崇庆皇太后在80岁寿辰以后，在慈宁宫住了几年。此后的慈宁宫就成为了偶设大宴，举行受册、受宝等重要典礼的处所了。
