在就任临时大总统的同时，袁世凯也不得不经受时人质疑的目光。时任美国驻华公使的芮恩施这样描述袁世凯的剪辫：“蔡将军用力一剪，就把袁世凯变成了一个现代人。但是袁世凯的内心并没有从此发生很大变化。”
在临时大总统就职仪式上，当时以记者身份在场的梁漱溟即觉得袁世凯对如此庄重的典礼根本不重视，“既不蓄须，亦不修面，着军人旧服装，殊欠整洁，显然蔑视此一重大典礼”；
莫里循对此也有着类似的记录：“袁世凯入场，像鸭子一样摇摇晃晃地走向主席台，他体态臃肿且有病容。他身穿元帅服，但领口松开，肥胖的脖子耷拉在领口上，帽子偏大，神态紧张，表情很不自然。”
袁世凯则很快感受到临时大总统之棘手难当。1912年3月11日，也就是袁世凯就职临时大总统的第二天，孙中山在南京颁布了《中华民国临时约法》，规定采用法国式责任内阁制，袁世凯遂依法于1912年3月13日任命唐绍仪为民国第一任国务总理，并负责组阁，外交、内政、陆海军、财政和交通等实权部门均由陆征祥、赵秉钧、段祺瑞等袁派人物一手控制。
这本来堪称袁世凯的私家内阁，但从唐内阁成立的那一天起，在用人、财政、遵守《临时约法》规定的总理附署权等问题上，袁、唐二人就不断发生冲突。根据《临时约法》的规定，大总统虽为国家元首，但由于实行责任内阁制，内阁代元首对国会负责，大总统就成了空有其名而无权的虚职。于是袁为抓权，唐为履职，二人争个不休。袁派的总长们在请示时则都是直接找总统，如财政总长熊希龄在与六国银行团交涉外债时就几乎事事请示总统，而目无总理。钱借到了，指派用场，总统照例不顾总理。唐绍仪的内阁总理干不下去，只好辞职。
但是，袁世凯的苦衷比唐绍仪一点都不少，在就任临时大总统一年后，他在一份文件中“谨述甘苦”：“为国民一言：夫用人实行政之本，而国务院为大政所从出。本大总统为国择能，尤深兢业，遵据《约法》，必须求同意于议会……而国会纷争，议案丛脞，累日不能决一条，经月不能颁一律。律文既缺，何所遵依？而国家作用，一旦不能滞停，政府措施，触处动成违法。以云责任，更安取裁？”
什么事儿都办不成，让袁世凯对《临时约法》的意见越来越大，他开始向往“无论政体如何解决，总期权操自我。”（《张广建致邮传部电》，《近代史资料》1958年第4期）
南方的激进革命党人一直在检举袁世凯有“帝制自为”的野心，唐内阁倒台后，眼见着袁世凯开始超出《临时约法》规定的范围揽权，这种质疑的声音更为明显。
袁世凯则在1912年6月24日发表公开电为自己辩护。“当共和宣布之日，即经通告天下，谓当永不使君主政体再见于中国。就职之初，又复沥忱宣誓，皇天后土，实闻此言。”
孙中山此时也为袁世凯做解释：“故余信袁之为人……见天下事均能明彻，而思想亦很新。不过做事手腕稍涉于旧，盖办事本不能全采新法。革命起于南方，而北方影响尚细，故一切旧思想，未能扫除净尽。是以北方如一本旧历，南方如一本新历，必新旧并用，全新全旧，皆不合宜……故袁总统今日实处于嫌疑之地位，作事颇难，其行政多用半新旧之方针。新派以其用旧手段，反对者愈众，其今日欲办之事，多方牵制，诚不易于措施也。”（孙中山《在上海国民党欢迎会的演说》1912.10.6）
外界对于袁世凯的质疑并非完全是捕风捉影，做了临时大总统的袁世凯对于共和制的兴废，的确正处于摇摆之中。
1912年秋天的一天，顾维钧在向袁世凯报告了他和英国公使关于西藏问题的会谈情况后起立告辞，但袁世凯让他稍待，要和他谈话。
袁世凯提的第一个问题是中国怎样才能成为一个共和国，像中国这样的情况，实现共和意味着什么。顾维钧就说，共和这个词的意思是公众的国家或民有的国家。但袁世凯认为中国的老百姓怎能明白这些道理，当中国女仆打扫屋子时，把脏物和脏土扫成堆倒在大街上，她所关心的是保持屋子的清洁，大街上脏不脏她不管。顾维钧就说那是自然的，那是由于她们无知。但是，即便人民缺乏教育，他们也一定爱好自由，只是他们不知道如何去获得自由，那就应由政府制订法律、制度来推动民主制度的发展。袁世凯就问，那会需要多长时间，不会要几个世纪吗？顾解释说时间是需要的，不过应该用不了那么久。
“我们的谈话就这样结束了”，顾维钧在回忆录里说，“我提这段谈话的意思是想说明袁世凯不懂得共和国是个什么样子，也不知道共和国为什么一定比其它形式的政体优越。他的统治越来越趋向恢复帝制，保持旧的制度，使自己高高在上。他不只是不了解共和国需要什么或民主如何起作用，看来他根本没有实现共和或民主的愿望。”
对共和制不了解的又何止是袁世凯呢？孙中山对此也只能感叹说：“今中国国民四万万，其能明了了解共和之意义，有共和之思想者，尚不得谓多。”全国上下唯有一片抱怨之声。人们发牢骚说共和政体让社会崩溃，“民国不如大清”，就连报章上也开始鼓吹说“共和政体不合国情”。
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