岳飞此时已无兵无权，但对他的迫害却仍在步步紧逼。在秦桧授意下，张俊利用岳家军内部矛盾，威逼利诱都统制王贵、副统制王俊先出面首告张宪“谋反”，继而牵连岳飞。
张俊私设公堂，向张宪严刑逼供，毫无结果之下，竟捏造张宪口供“为收岳飞处文字谋反”。岳飞在江州居留，为时甚短，就接到宋廷命令，召他回“行在”临安府。十月十三日，岳飞被投入大理寺(旧址在今杭州小车桥附近)狱中，此前其长子岳云也已下狱。
岳飞义正词严地面对审问，并裸露出背上旧刺“尽忠报国”四大字，主审官何铸见此，亦为之动容。铸调查发现岳案证据不足，实为冤案，照实禀告秦桧。秦桧却说：“此上(高宗)意也!”改命万俟卨主审此案。
卨用尽手腕，也无法使岳飞三人屈招一字。飞宁死不自诬，乃至以绝食抗争，经其子岳雷照顾，才勉强支撑下来。
十一月初七日，宋金“绍兴和议”达成：由宋向金称臣，将淮河以北的土地全部划归金国，并每年向金贡奉银绢各二十五万两匹。
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和议虽已达成，但岳飞一直未能被释放。万俟卨等逼供不成，为了坐实冤狱，又为岳飞罗织搜剔了所谓“指斥乘舆”、“坐观胜负”等数条罪名，欲将飞一举定为死罪。
大理寺丞李若朴、何彦猷以飞为无罪，与万俟卨竭力争议，均遭罢官处分。布衣刘允升上书为飞申冤，被下大理寺处死。已赋闲的韩世忠因岳飞入狱之事质问秦桧，桧回答：“飞子云与张宪书虽不明，其事体莫须有。”世忠忿然道：“相公，‘莫须有’三字，何以服天下?”
