其实，当时的中国政府，在谈判过程中，就已经有这个思想准备，接受除第五号以外的二十一条所有条款。为此，他们还特意央求担任总统府顾问的日本人贺长雄，回国去跟日本元老疏通，希望日本方面，不再坚持第五号。据曹汝霖回忆，说是贺长雄回到日本之后，发现日本元老其实并不知晓有第五号这回事。日本学者升味准之辅的《日本政治史》，也提到自大隈内阁上台之后，其外相加藤破坏了1898年以来，向元老传阅外交文书的惯例，而代之以事后简单的汇报。二十一条的要求，并没有跟元老商议，甚至连具体条文都没能给元老们看。看来，曹的回忆有点根据。当然，即便是专横的日本大隈内阁，也并没有指望中国政府会接受第五号，因此，提出的时候，就是用特殊的字体单列的，如果能迫使中国人认账算捡着。只是，参与交涉的日本外交官，在中国待久了，骄横之气日长，立功心切，谈着谈着，似乎就忘记了第五号原本是“劝告”条款。在交涉之前，日本公使日置益特意为谈判递呈长篇条陈，提出要采取利诱和威压双管齐下的手段，迫使中国政府屈服，具体开列的利诱手段有四：一，在一定条件下，将胶州湾归还中国。二，保证袁世凯及其政府的安全。三，取缔在日本保护下的革命党、宗社党和留学生及日本浪人针对中国政府捣乱行为。四，收买袁世凯和政府各部部长的个人。此外，还可以考虑同意修改关税税率。而威压手段则是调动山东的日军以武力威胁，及利用革命党和宗社党人颠覆中国政府。而丝毫没有提到第五号可以考虑放弃，作为谈判的底线。
必须说明的是，经过中国政府走后面的运作，日本的最后通牒里，不再坚持第五号，而中国政府也就接受了这种屈辱的“城下之盟”，二十一条除了第五号之外，至多做了一点细微的技术上的修改，全部接受，而且留下来一个尾巴：第五号容后商议。即便是日本这么一点不是让步的让步，中国方面也他们留足了面子。对此，当时参与交涉的外交部次长曹汝霖，即使在许多年后，依然感到有那么一丝欣慰。而当时的驻日公使陆宗舆，甚至在回忆录中表示，他没有以日本不坚持第五号为己功，说明了他的低调。
不过，此时作为中华民国终身大总统的袁世凯，心情可是相当的糟。5月14日，袁世凯对自己的文武百官，下了一道密谕，视接受二十一条为奇耻大辱，“疾首痛心，愤惭交集”，要大家一定发愤，“日以亡国灭种四字悬诸心目”，卧薪尝胆。言语不可谓不沉痛，最后说道，如果经此事变，国人再不奋起，世界将视中国人无做人类之资格。即后来我们常说的，被开除球籍。而中国被迫接受二十一条的日子，5月9日，从此变成法定的“国耻日”。只是，这样的国耻日，以后越来越多。
袁世凯在中国近代史上，是个白鼻子的人物，大陆和台湾编写的近代史自不必说，就连西方流行的中国近代史教材，比如徐中约的书，里面的袁世凯，也是一副丑角形象。但是，签完二十一条的袁世凯，应该说是中国最懊丧的人。二十一条的签订，未必能真的灭掉中国，但却真真切切地把袁世凯毁了大半。当时的日本其实未必不知道，尽管他们觉得一战是个扩张他们在中国势力的大好时机，但真的把偌大的中国一口吞下，以当时日本的国力，还是有点蛇吞象的意思，这也是为什么他们要把变中国为朝鲜的第五号单独列出，实在不行就退回来的原因。但是，明知道对方无论如何不能接受，而且自己这方面也不打算用武力压迫对方接受，还是要将这些条款提出来，最大的效应，就是可以混淆视听，中国政府只要最终签字认账，在外面看来，就等于签了包括第五号在内的卖身契。当时的对外交涉，都是秘密进行的，外界无从知晓真相，卖国的帽子，想不戴势所不能。
当然，也可以说，日本人对袁世凯一向没有好感，因为从历史上看，袁世凯的发迹，恰是在朝鲜与日本人斗智斗勇之时。最初，日本人还吃了袁世凯的亏，当时就结了怨。曹汝霖回忆说，日本公使日置益曾经跟他说过，说是革命之后，由孙中山当总统，没什么说的，因为孙没当过清朝的大官，一直主张革命，但袁世凯世受清恩，又是总理大臣，自己做总统，总不免有“篡夺之嫌”。23其实，这种说法，即便真的是日本人的体己的私房话，也说明不了他们是否对孙中山和袁世凯真的有所偏好。如果说，日本人更不喜欢袁世凯一点，那么恰是因为袁世凯相对于孙中山来说，更像是一个强人。显然，日本不乐意革命后的中国落在一个强人手里。一个四分五裂、秩序混乱的中国，对于一个怀着野心的邻居而言，无疑更合脾胃。而一个强人，却有可能结束混乱，走向统一和秩序。乘欧战方酣之际，也乘这个强人羽翼未丰之时，弄出这么一个二十一条来，除了已经吃下的山东之外，无论最后能得到多少实际的好处，只要袁世凯最后妥协了，其在国人中的合法性一定会因此而大大降低。在社会上流传的二十一条，肯定是包括第五号的，而且因此造成的国势之危，注定是要被夸张了的。这一点，在日后的岁月中，只要有风吹草动，就会显现出来。山东问题，从一开始，就跟二十一条密不可分，人们此后的相关联想，是这样展开的，一提到山东问题，就会想到二十一条，想到二十一条，就会想到亡国灭种。
而袁世凯经此事变，也的确中招，合法性受到很大的质疑，以至于后来的帝制自为，在很大程度上是为了恢复权威。结果却触犯了近代以来最流行的意识形态，体现在制度层面上的进化论，被视为开历史的倒车，身败名裂。袁世凯死后，中国的政局持续动荡，四分五裂，这样一个局面，显然最符合日本的利益。
二十一条，在五四运动之后，在国际形势变化情势下，由于国内民族主义情绪推动，经过艰苦的谈判，终于在1923年3月被正式废除。当然，日本在东北和山东的实际上的特殊地位，并未因此而受到削弱。但毕竟在名义和心理上，中国人得到了某种补偿。
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